Prof. Dr. Hacker, geboren in Grevesmühlen, studierte von 1970 bis 1974 Biologie an der Martin-Luther-Universität Halle und wurde 1979 promoviert. Von 1980 bis 1988 arbeitete er als wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Universität Würzburg, wo er sich 1986 für das Fach Mikrobiologie habilitierte. Von 1988 bis 1993 war Jörg Hacker Professor für Mikrobiologie an der Universität Würzburg. 1993 wechselte er an den Lehrstuhl für Molekulare Infektionsbiologie. Den Vorstand des Würzburger Instituts hatte er bis 2008 inne. Von 2003 bis 2009 übernahm er das Amt des Vizepräsidenten der Deutschen Forschungsgemeinschaft. Von 2008 bis 2010 war er Präsident des Robert-Koch-Instituts. Von 2010 bis 2020 war er Präsident der Deutschen Akademie der Naturforscher Leopoldina – Nationale Akademie der Wissenschaften, in der er seit 1998 Mitglied ist.